วังประจัน เดิมชื่อว่า “วังปลาจัน” เพิ่งมาเปลี่ยนชื่อเป็นบ้าน “วังประจัน” ในสมัยที่ นายศุภโยค พาณิชย์วิทย์ เป็นผู้ว่าราชการจังหวัดสตูล (พ.ศ. 2515 – 2518) คำว่า “วัง” หมายถึง หุบเขาหรือแอ่งน้ำลึก “ปลาจัน” มาจากคำภาษายาวี หมายถึง กะปิ เนื่องจากมีก้อนหินลักษณะเหมือนก้อนกะปิเป็นจำนวนมาก อยู่ในลำคลองปัจจุบัน คือ คลองทุ่น ส่วนที่เปลี่ยนชื่อเป็น วังประจันก็เนื่องจากตำบลนี้เป็นเขตแดนติดต่อกับมาเลเซีย และมีถนนเชื่อมติดต่อกับบ้านวังเกลียน ของมาเลเซีย ตำบลนี้จึงเป็นเหมือนด่านประจันหน้ากับมาเลเซีย ราษฎรในตำบลนี้จึงเหมือนกับมาเลเซียด่านแรก ราษฎรในตำบลวังประจันบางส่วนอพยพมาจากประเทศมาเลเซีย และตำบลควนสตอ ตำบลควนโดน เพื่อเข้าไปประกอบอาชีพเกษตรกรรม เห็นว่าเป็นพื้นที่ที่เหมาะสม มีความอุดมสมบูรณ์ ในการทำสวนผลไม้ สวนยาง และการทำนา วังประจันเดิมเป็นหมู่บ้านหนึ่งในเขตตำบลควนสตอ ต่อมาได้แยกการปกครองจากตำบลควนสตอ เป็นตำบลวังประจัน เมื่อวันที่ 15 กันยายน 2535 แบ่งการปกครองออกเป็น 4 หมู่บ้าน มีนายสมัย ละไบแด เป็นกำนันคนแรก ความเป็นมาของแต่ละหมู่บ้าน มีดังนี้
  
หมู่ที่ 1 บ้านทุ่งมะปรัง
     ทุ่งมะปรัง มีทุ่งเล็ก ๆ อยู่ในหมู่บ้านเนื้อที่ประมาณ 1 งาน กลางทุ่งเล่ากันว่า มีบ่อน้ำคล้ายปลัก เนื้อที่ประมาณ 55 เมตร เกิดขึ้นกลางทุ่ง มีผู้เห็นคล้ายลิงผุดขึ้นมาสภาพคล้ายคนอยู่ประมาณ 4 – 5 นาทีแล้วหายไป จากนั้นมีผู้คนไปเซ่นสังเวย ถือเป็นสิ่งศักดิ์สิทธิ์ มีการแสดงอาเพศ ใครไปสร้างความไม่ดี หรือสิ่งสกปรกต่าง ๆ จะมีอาการปวดท้อง จุกเสียด เป็นไข้ หากถูกอาถรรพ์นี้ ต้องไปบอกกล่าว ขออภัยแล้วอาการจะหาย ชาวบ้านเชื่อถือมาตลอดหลายสิบปี จนถึงบัดนี้ชาวบ้านเลิกเชื่อถือ และขณะนี้ปลักได้ตื้นเขินหมดแล้ว มะปรัง มาจาก ชื่อโต๊ะปรัง ซึ่งชาวบ้านทั่วไปนับถือ
   
หมู่ที่ 2 บ้านเขานุ้ย
     ได้แยกมาจากหมู่ที่ 3 บ้านวังประจัน มาเป็นหมู่ที่ 2 บ้านเขานุ้ย เมื่อปี พ.ศ. 2532 เพื่อจะแบ่งแยกการปกครองให้ดีขึ้นมาจนถึงปัจจุบัน
  
หมู่ที่ 3 บ้านวังประจัน
     หลังจากสงครามโลกครั้งที่ 1 ได้มีชาวมลายู หรือมาเลเซียในปัจจุบัน จากบ้านวังเกลียนรัฐเปอร์ลิส อพยพมาอยู่ที่บริเวณ บังทะเลบัน ต่อมาบริเวณนั้นแผ่นดินยุบตัวลง ก็เลยย้ายมาตั้งหมู่บ้านใหม่ที่บ้านวังประจัน ผู้ที่อพยพมานั้นมี 3 ตระกูล คือ ตระกูลละใบโดย เป็นตระกูลผู้พี่ ตระกูลละใบแด เป็นตระกูลรอง ตระกูลละใบจิ เป็นตระกูลน้องเล็ก ทั้ง 3 ตระกูล เป็นผู้ก่อตั้งหมู่บ้านวังประจัน ส่วนตระกูลอื่น ๆ นั้น ได้เข้ามาหลังจากสงครามโลกครั้งที่ 2 แล้ว เดิมเป็นหมู่ที่ 11 ตำบลวังสตอ แยกมาเป็น ตำบลวังประจัน เมื่อปี พ.ศ. 2515 ปัจจุบันเป็นหมู่ที่ 3 ตำบลวังประจัน
  
หมู่ที่ 4 บ้านวังประจันใต้
     บ้านวังประจันใต้ แยกจากบ้านวังประจัน ตำบลควนสตอ เป็นหมู่ที่ 12 และต่อมาได้แยกมาเป็นตำบลวังประจัน จากตำบลควนสตอ ปี พ.ศ. 2532 ได้แยกเมื่อปี พ.ศ. 2532 และได้แยกหมู่ที่ 3 บ้านวังประจันออกเป็น หมู่ที่ 4 บ้านวังประจันใต้ ตำบลวังประจัน